研究院是一所集两岸艺术研究、艺术创作和艺术交流为一体的艺术研究机构。1986年12月由文化部批准,1987年6月正式成立“厦门市台湾艺术研究室”;1993年更名为“厦门市台湾艺术研究所”;1998年为加强对闽南文化的研究与交流,加挂“厦门市闽南文化研究所”的牌子;2009年升格为副处级单位;2012年12月更名为“厦门市台湾艺术研究院”(厦门市闽南文化研究院)。
研究院承担着开展对台文化艺术研究、艺术创作和艺术交流的重任,举办过被大陆媒体称之为“零的突破”的“首届台湾艺术研讨会”。先后开展了闽台地方戏曲、两岸音乐、两岸舞蹈、闽南方言、闽南语歌曲、闽台民俗等方面的学术交流和学术研讨,积极推动两岸表演艺术团体互访交流演出。与台湾共同策划了“首届海峡两岸歌仔戏学术研讨会”,并与台湾学界共同倡议建立歌仔戏研究学科和轮流举办歌仔戏学术研讨和演出交流。
2004年,经文化部同意,“海峡两岸民间艺术节”落户在厦门,至今已办了十五届。内容从海峡两岸民间艺术、扩大到当代话剧、当代舞蹈、实验戏剧、艺术教育、艺术数位化的资源共享、美术展览、文化创意产业知识产权保护、两岸县市文化交流;从闽南文化扩大到客家文化、妈祖文化;从民间交流扩大到学校青少年交流。艺术节每年的主题不同,探讨的问题也是两岸最关注的文化艺术发展问题。从传统艺术的现代传承、探讨到文化产业的知识保护,从非遗的记录整理到“数位化”资源共享,“海峡两岸民间艺术节”已成为海峡两岸重要的艺术交流品牌。