南京清凉寺,始建于南朝,是中国佛教禅宗五家之一——法眼宗的发源地。法眼宗为南唐高僧文益禅师所创,其禅学思想在中国佛教史上具有崇高的地位和价值,影响远及日本、韩国及东南亚,历史意义十分深远。作为南唐首刹,鼎盛时期的清凉大道场是南京佛教传统文化、清凉山精英文化、金陵地域文化的重要代表,“清凉问佛”更是流传久远的“金陵四十八景”之一。因而,在此国泰民安,佛法昌隆之际,恢复、重建这座千年古寺,不仅能满足海内外佛教徒礼拜祖庭,寻根问祖的心愿,找到法眼宗的“根”,重振法眼宗风,也有利于落实市委关于“整合佛教资源”的指示,填补鼓楼区没有恢复寺院的历史空白,对推进集自然、历史、观光、人文为一体的和谐都市发展有着不可估量的意义。为此,南京市宗教局、南京市佛教协会与南京市园林局、清凉山公园管理处经过协商,本着循序渐进的原则,于2009年1月将清凉寺原有的一座殿堂及五间瓦房交给佛教界,同年6月20日,举行佛像开光,作为宗教活动场所正式对外开放。