当解除了成都之围、秦良玉率领白杆兵骑马进城时，成都的市民纷纷涌上街头，扶老携幼，争睹女将军的风采。这时秦良玉已是五十开外，几十年的戎马生涯，不但没催她衰老，反而把她磨炼得愈加英姿飒爽。成都民众将她视为神明，纷纷在她走过的路上焚香跪拜，表达了对这位女救星的无限崇敬之情。
数年之后，贵州水西一带再起事端，有一个叫安邦彦的匪首，在这里自立为罗甸王，招兵买马，很快占据了贵阳以西的千里之地。朝廷又诏命秦良玉率白杆军入黔平乱，秦良玉雷厉风行，很快就消灭了安邦彦集团，但在这场战争中，秦良玉的弟弟秦民屏战死了，秦良玉再一次遭受了痛失亲人的打击。
明天启七年，明熹宗驾崩，熹宗之弟朱由检继承皇位，史称明思宗，即崇祯皇帝。此时的后金，已经改国号为清。清兵趁朝廷改帝之机，由蒙古人作向导，从龙井关越过长城，直奔通州，京师形势十分急迫。明朝廷再次诏天下诸军镇边勤王。秦良玉接旨后，带领她的白杆兵，日夜兼程赶往京师，并拿出自己的全部家产作为军饷，以补朝廷因连年应战而造成的军需不足。
狭路相逢勇者胜。秦良玉的白杆兵与清兵在京师外围相遇，还没来得及安营扎寨，就开始了全面进攻。年已55岁的秦良玉，手舞白杆长矛，锋刃所过之处，清兵一败涂地。所有白杆兵将士，无不以一当十，打得清兵望风披靡落荒而逃。很快，秦良玉接连收复了泺州、永平，解救了京城之围。
北京围解之后，崇祯皇帝大加感慨，特意在北京平台召见秦良玉，优诏褒美，赏赐彩币羊酒，并诰封一品夫人，加封少保、挂镇东将军印。并赋诗四首以彰其功：
其一：学就西川八阵图，鸳鸯袖里握兵符。由来巾帼甘心受，何必将军是丈夫。
其二：蜀锦征袍自裁成，桃花马上请长缨。世间多少奇男子，谁肯沙场万里行！
其三：露宿风餐誓不辞，饮将鲜血代胭脂。凯歌马上清平曲，不是昭君出塞时。
其四：凭将箕帚扫胡虏，一派欢声动地呼。试看他年麟阁上，丹青先画美人图。
崇祯皇帝有生之年，享国日浅，遭逢多难，很少有闲情逸致吟诗作赋，除赠秦良玉诗外，仅有赠杨嗣昌的五绝传世。如此之殊荣，足可见秦良玉之丰功伟绩。
史载秦良玉率部进京后，“驭军严，秋毫无犯”，“都人闻白杆兵至，聚观者如堵，马不能前。”如今北京宣武门一带的四川营胡同，就是她北上勤王屯兵遗址（门上刻“蜀女界伟人秦少保驻兵遗址”十二大字）。
秦良玉不仅擅长带兵打仗，而且十分注重军需的生产。如今北京四川营胡同附近，还有十几条“棉花胡同”，称头条、上二条、下二条等。这也与秦良玉有关。她在北京驻扎期间，曾令部下与女眷纺棉织布，故而附近的一些胡同就被后人呼之为“棉花胡同”。清代曾有人写《四川营吊秦良玉驻兵遗址》一诗咏道：“金印夙传三世将，绣旗争认四川营。至今秋雨秋风夜，隐约钲声杂纺声。”
后来，明末起义军首领张献忠进入四川一带，烧杀掳掠。年过花甲的秦良玉再次披挂上阵，风采不减当年。她率领白杆兵，连战连捷，解除太平之围，扼反将罗汝才于巫山，斩叛帅东山虎于谭家坪，使张献忠的军队在川地吃尽了苦头。然而，由于川地屡经兵灾，府库空乏，损耗的兵力和粮饷无法补充；而起义军势力强大，潮水般涌进川蜀，在整个战局上，官兵是无法取胜的。秦玉良万般无奈，只有退保石柱一地。面对着无奈的战局，英勇善战的秦玉良也只能哀叹“大厦将倾，一木难支”。
此时，北京城已被李自成所率领的义军攻破，明思宗自缢于煤山，大明皇朝在风雨飘摇中终于寿终正寝。李自成入主京城，张献忠则想牢牢控制住川蜀，以作为自己的根据地。张献忠东征西战，铁蹄所至，几乎囊括了全蜀，却唯对石砫弹丸之地无可奈何。已68岁高龄的秦良玉，带着她手下历经百战的白杆兵，不畏强暴，誓死抗拒。这时的石柱孤立无援，如同汪洋大海中的小舟，随时都有被吞没的危险。秦良玉对自己的部众说道：“吾兄弟二人皆死王事，吾以一孱妇蒙国恩二十年，今不幸至此，其敢以余年事逆贼哉！”并下令：“有从贼者，族无赦！”她从容不迫，分兵镇守四境。张献忠对四川各地土司都成功招降，却“独无敢至石柱者”。一直到张献忠败亡，他的起义军终没能踏入石柱半步。
清顺治五年（1647年），端阳节过后，75岁的秦良玉在一次检阅过白杆兵后，刚刚迈下桃花马，便“身倾，遂殁”，无可奈何花落去，结束了她战功赫赫的传奇人生。
史载，当时四川久经战乱，百姓十室九空，川东地方（石柱除外）仅剩数万人，新建立的清朝廷最终不得不从湖广大规模移民。而在秦良玉的保护下，石柱成为当时渝东人民远离兵燹之苦的唯一乐土，附近丰都、忠县、梁平、万州等地民众纷纷进入石柱避难，至清初战乱初步结束，石柱人口不但没有减少，还增加了近十万人，与整个川东地区所剩人数形成对比。一代文豪郭沫若因此曾赋诗称赞秦良玉是“石柱擎天一女豪”。
根据重庆有关部门对秦良玉所遗留下来的衣物等遗物测定，其身高约1米86左右。
后人写过无数歌颂这位传奇女杰的诗篇，而歌颂秦良玉最让人感动的诗篇，当出自清末女英雄秋瑾。二人同为巾帼女儿身，英雄相惜，自然别有一番真味在诗中：
其一：古今争传女状头，谁说红颜不封侯。马家妇共沈家女，曾有威名振九州。
其二：执掌乾坤女土司，将军才调绝尘姿。花刀帕首桃花马，不愧名称娘子师。
其三：莫重男儿薄女儿，平台诗句赐娥媚。吾骄得此添生色，始信英雄曾有此。
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